Το τμήμα αυτό είναι αρμόδιο για την επιστημονική – τεχνική υποστήριξη της λειτουργίας των οργάνων διοίκησης και των υπηρεσιών του Δημοσίου στην διαδικασία λήψης αποφάσεων μέσω επεξεργασμένων στοιχείων και προτάσεων για την υποβοήθηση στην λήψη τεκμηριωμένων αποφάσεων.
Αναλαμβάνει την εκπόνηση Επιχειρησιακών Προγραμμάτων και την ανάπτυξη συστημάτων διαχείρισης, σύμφωνα με τα κριτήρια του ισχύοντος θεσμικού πλαισίου, την εκπαίδευση στελεχών του Δημοσίου επί μιας σειράς θεμάτων, καθώς και την υποστήριξη και δικτύωση των φορέων με αντίστοιχους φορείς Ευρωπαϊκών χωρών στα πλαίσια υλοποίησης διακρατικών προγραμμάτων και έργων.
Αναλαμβάνει την σύνταξη πρότυπων κανονισμών καθώς και την υποστήριξη στις διαδικασίες δημοπράτησης και συμβασιοποίησης δημοσίων συγχρηματοδοτούμενων έργων, δημοσιοποίηση διαγωνισμών, προεγκρίσεις από διαχειριστικές αρχές, σχέδια συμβάσεων.
Τέλος, είναι αρμόδιο για την τεχνική και διοικητική υποστήριξη στην ωρίμανση δημοσίων έργων, για την υποβολή τους σε Επιχειρησιακά Προγράμματα του ΕΣΠΑ, τεχνικές μελέτες, τεύχη προδιαγραφών, τεύχη δημοπράτησης, υποβολή τεχνικών δελτίων, υποβολή- παρακολούθηση φακέλων έργων.